Le programme “LIFE Nature” de l'Union Européenne (UE) promeut des mesures ayant pour but la conservation et l'assainissement de régions particulièrement précieuses. Condition préalable et essentielle est l'enregistrement de ces régions d'après la directive de l'UE concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages. Le parc national Benninger Ried y a été inclu en raison de son importance à niveau européen. Une partie importante de la flore et de la faune du Benninger Ried est précieuse d'après cette directive de l'Union Européenne et pour cette raison doit être particulièrement protégée. A mentionner comme types d'habitats particulièrement protégés dans la région du Benninger Ried d'après l'annexe I de la directive mentionnée ci-dessus sont avant tout les marais riches en calcaire et les sources à tuf calcaire. D'après l'annexe II de la directive les espèces suivantes ont de même été placées sous une protection particulière:
En plus on a trouvé dans le Benninger Ried 87 espèces mentionnées dans les listes rouges nationales des espèces menacées comme étant en danger, fortement en danger ou déjà en voie de disparition.